Après un début de carrière au FC Gueugnon, Bougherra rejoint le championnat anglais et le Crewe Alexandrasous forme de prêt, fin janvier2006.
Ses performances incitent le club de Sheffield Wednesday à le recruter dès le mois de mai 2006.
Bougherra enchaîne les bonnes performances et en juin 2008, il signe au Glasgow Rangers où il explose et devient la coqueluche des supporters. Le 19 septembre 2009, il joue son premier match en Ligue des champions face à Stuttgart et marque son premier but offrant aux Glasgow Rangers le match nul.
En 2011, il signe un contrat avec le club qatari de Lekhwiya et marque son premier but lors de l'ouverture du championnat.
Il marque le 25 janvier2010 lors du match Algérie-Cote d'ivoire (3-2), but décisif qui permet à l'Algérie d'égaliser, avant de prendre l'avantage grâce à Hameur Bouazza et de se qualifier en demi-finale de la CAN 2010. Ce but, il le dédie à son ex entraîneur Hakim Ait Hamadouche (ancien international algérien, 23 matchs et 16 buts).